Hace ya bastante tiempo que me encontré con una herramienta open-source que se llama freemind. Es una herramienta de Mind Mapping (o Mapas Mentales) que permite estructurar contenidos, ideas, tareas, ... Además almacena todo en XML, con lo que permite manipular la información de forma automatizada (si queremos).
Yo la utilizo ampliamente para mis proyectos, ya sea para mantener las tareas a realizar, gestionar contenidos funcionales, o simplemente no olvidarme de cosas importantes.
Aunque oficialmente no ha llegado a la versión 1.0, os aseguro que es muy estable.
Espero que os sea de ayuda.
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